---

Di dalam negeri, Gus Dur melakukan pendekatan di Aceh dan Papua. Ia memberikan Aceh referendum, tetapi referendum ini menentukan otonomi dan bukan kemerdekaan seperti referendum Timor Timur. Gus Dur juga ingin mengadopsi pendekatan yang lebih lembut terhadap Aceh dengan mengurangi jumlah personel militer di Negeri Serambi Mekkah tersebut.

Pemerintahan Gus Dur juga melakukan negosiasi dengan Gerakan Aceh Merdeka (GAM) pada Maret 2000. Dua bulan setelahnya, pemerintah menandatangani nota kesepahaman dengan GAM hingga awal tahun 2001, saat kedua penandatangan akan melanggar persetujuan.

Pada 30 Desember, Gus Dur mengunjungi Jayapura di Provinsi Irian Jaya. Selama kunjungannya, Presiden Gus Dur berhasil meyakinkan pemimpin-pemimpin Papua bahwa ia mendorong penggunaan nama Papua. Yang tak kalah kontroversial, Gus Dur juga mengusulkan agar TAP MPRS No. XXIX/MPR/1966 yang melarang Marxisme-Leninisme dicabut. Dan tentu saja dari semua itu, usaha Gus Dur membuka hubungan diplomatik dengan Israel yang paling ditentang banyak pihak.

Dari semua kontroversi dan kebijakan yang dianggap nyeleneh tersebut, muncul gejolak politik dan gelombang ketidakpuasan terhadap pemerintahan Gus Dur. Tak hanya itu, isu dugaan keterlibatan Gus Dur dalam sejumlah kasus korupsi menjadi catatan hitam. Belum lagi gesekannya dengan TNI dan sejumlah partai politik seperti PDIP, Golkar, dan PPP karena memecat menteri-menteri yang berasal dari parpol koalisi.

Pada 23 Juli, MPR secara resmi memakzulkan Gus Dur dan menggantikannya dengan Megawati Soekarnoputri. Gus Dur terus bersikeras bahwa ia adalah presiden dan tetap tinggal di Istana Negara selama beberapa hari, tetapi akhirnya pada tanggal 25 Juli ia pergi ke Amerika Serikat karena masalah kesehatan.